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Technicians Fellowships

BIOEN Opportunities
 

Oportunidade para Bioinformata no Projeto

REDES REGULATÓRIAS E SINALIZAÇÃO ASSOCIADAS A CANA ENERGIA

Bolsa de Treinamento Técnico 5 FAPESP

Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST--‐FUN

Contato: Glaucia Souza – Instituto de Química – USP

http://www.bv.fapesp.br/pt/pesquisador/926/glaucia-mendes-souza/

http://lattes.cnpq.br/9035886932770957

Av. Prof. Lineu Prestes 748 – sala 954

 

Enviar Currículo e Histórico Escolar da Graduação e Pós-Graduação (versão completa, incluindo todas as disciplinas cursadas independentemente da situação de aproveitamento escolar) para This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. até 07/11/16. A Bolsa TT-5 se destina a graduado(a), especialista em TI com pelo menos cinco anos de experiência após a graduação ou título de doutorado, sem vínculo empregatício, com dedicação de 16 a 40 horas semanais (o valor da Bolsa a ser paga será proporcional ao número de horas semanais) às atividades de apoio ao projeto de pesquisa (valor mensal em dedicação integral R$ 6.819,30).

 

Resumo do projeto do bolsista

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. O laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP contribui para a Biologia de Sistemas da cana-de-açúcar e para isso analisa e disponibiliza resultados obtidos no sequenciamento do genoma, análise do transcriptoma e metaboloma dessa gramínea. Além da utilização de ferramentas e disponibilização para uso público e de colaboradores, é previsto o desenvolvimento de novas ferramentas para execução de tarefas específicas, de acordo com os dados obtidos ao longo do projeto. Uma das ferramentas desenvolvidas pelo laboratório é uma aplicação web (http://sucestfun.org/wsapp) para acesso e análise dos dados do banco SUCEST-FUN DB. Essa ferramenta tem o font-end desenvolvido em linguagem Java e diversos scripts desenvolvidos nas linguagens Perl e R que fazem análise dos dados e inserção dos resultados no banco de dados, utilizando a linguagem SQL. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Com o desenvolvimento de um genoma referência da cana pelo grupo, e de dados provenientes de outras análises do genoma como RNA-Seq (Sequenciamento de RNA) e ESTs, que contêm milhões de reads resultantes de diferentes plataformas de sequenciamento, a análise desses dados precisa ser feita a partir de ferramentas computacionais robustas e de alta performance, de preferência que utilizem diversos processadores para execução de tarefas em paralelo. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados, e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises. 

 


 

4 Vagas para Iniciação Científica em Biologia Molecular e Bioinformática

Bolsas FAPESP

 

4 Vagas para Bioinformatas

Bolsa TTIV-a FAPESP / Bolsas DTI-1 e DTI-2 CNPq

 

O Programa Bioenergia (BIOEN) tem como missão desenvolver pesquisa básica e biotecnológica em cana-de-açúcar e outras plantas com potencial na área de biocombustíveis. O Programa pretende ser abrangente nos aspectos a serem abordados e criar interfaces entre diferentes disciplinas de modo a permitir uma abordagem sistêmica da biologia da cana sem se restringir à cana como modelo.

Os projetos de pesquisa associados ao BIOEN deverão abordar problemas centrais da biologia de cana, e outros modelos, procurando elucidar as relações entre genoma, metabolismo e respostas fisiológicas adaptativas ao ambiente. Deste modo, pretende-se identificar novos caminhos para a manipulação genética do metabolismo energético de plantas cultivadas criando-se novas alternativas de biocombustíveis.

Os candidatos a bioinformatas deverão ter experiência em genômica, computação, matemática ou estatística compatível com o nível de bolsa pleiteado e conhecimento em Linux, linguagens de programação C/PERL/PHP/CGI/Java e banco de dados MySQL.

 

Bioinformática - Atividades:

  • Desenvolvimento e manutenção do banco de dados SUCEST-FUN
  • Administração de rede e de computadores
  • Modelagem, implementação, otimização de ferramentas computacionais e softwares para banco de dados
     

Biologia Molecular - Atividades:

  • Clonagem de promotores de cana-de-açúcar
  • Avaliação molecular de plantas trangênicas
 
 
Interessados devem enviar currículo e histórico escolar para:
 
Glaucia Souza
Instituto de Química - USP
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